專利行政訴訟和其他行政訴訟一樣，其訴訟活動均受我國行政訴訟法的調整。專利行政訴訟與其他行政訴訟有許多共同性。主要表現(xiàn)在：訴訟收案范圍都是法定的，其目的是為了保障公民、法人和其他組織的合法權益不受行政違法行為的侵犯，保障行政機關依法有效的行使職權，提高行政管理效率；訴訟客體都是審查和確認行政機關依據(jù)其職權所做出的行政決定是否合法、正確；被告都是恒定的國家專利行政主管機關；舉證責任主要在被告一方；在審理中不適用反訴和調解程序等。
專利行政訴訟的特殊性又決定了他與其他行政訴訟有不同的特點。
1. 專利行政訴訟被告的單一性。大部分專利行政訴訟的被告主要是針對國務院專利行政部門或者專利復審委員會以及數(shù)量有限、依法設定的地方管理專利工作的部門。
2. 專利行政訴訟管轄的確定性。以國家知識產(chǎn)權局和專利復審委員會作為被告的專利行政案件，均由被告所在地北京市的人民法院管轄。又由于專利行政訴訟的技術性、專業(yè)性較強，最高人民法院在有關司法解釋中規(guī)定，專利行政案件行使指定管轄，即一律由北京市中級人民法院作為第一審法院，北京市高級人民法院作為第二審法院。
3. 專利行政訴訟的交叉性。在專利行政案件中，絕大多數(shù)是與專利侵權訴訟是交叉進行。即先有專利侵權訴訟，在專利侵權松松中，一旦被告向專利復審委員會請求宣告該專利權無效，這時，專利復審委員會就會依法啟動專利權無效審查程序。這樣就形成兩個獨立的訴訟，而且這兩個獨立的訴訟相互交叉，，既有民事與行政的交叉，也有行政與行政的交叉。這種循環(huán)式的交叉訴訟是其他行政訴訟所絕對沒有的一個顯著特點。
4. 專利行政訴訟內(nèi)容與各個領域的技術密切相關，是技術問題與法律問題的交織混合型訴訟。