專利行政訴訟是目前當事人經(jīng)常遇到的一種訴訟。
在我國，如果從被告主體上劃分，有關(guān)專利的行政訴訟可分為三個類型。
第一種被告是管理專利工作的部門。
根據(jù)專利法第六十條，未經(jīng)專利權(quán)人許可，實施其專利，即侵犯其專利權(quán)，引起糾紛的，專利權(quán)人或者利害關(guān)系人也可以請求管理專利工作的部門處理。管理專利工作的部門處理時，認定侵權(quán)行為成立的，可以責令侵權(quán)人立即停止侵權(quán)行為，當事人不服的，可以自收到處理通知之日起十五日內(nèi)依照《中華人民共和國行政訴訟法》向人民法院起訴；侵權(quán)人期滿不起訴又不停止侵權(quán)行為的，管理專利工作的部門可以申請人民法院強制執(zhí)行。
只有各省、自治區(qū)、直轄市和一些設(shè)區(qū)的市的政府設(shè)立的（地方）專利管理機構(gòu)才是專利法意義上的管理專利工作的部門。
有關(guān)的處理包括：a．責令侵權(quán)人立即停止侵權(quán)行為；b．處罰假冒他人專利；c．處罰冒充專利；d．對代理機構(gòu)或代理人懲戒（先復議）。
不服處理決定的當事人可以作為原告，以管理專利工作的部門為被告，向中級人民法院起訴。即，管理專利工作的部門所在地的中級人民法院對專利案件有管轄權(quán)，為所在地的中級人民法院；無管轄權(quán)的，可以向管理專利工作的部門所屬省、自治區(qū)、直轄市人民政府所在地的中級人民法院起訴。對于判決不服的，在規(guī)定的上訴期內(nèi)，向各高級人民法院提起上訴。各高級人民法院的裁判為終審裁判。
除了處理決定（不服的，可以向人民法院提起行政訴訟）之外，管理專利工作的部門還可以應當事人請求，對下列專利糾紛進行調(diào)解：
（一）專利申請權(quán)和專利權(quán)歸屬糾紛；
?。ǘ┌l(fā)明人、設(shè)計人資格糾紛；
（三）職務發(fā)明的發(fā)明人、設(shè)計人的獎勵和報酬糾紛；
?。ㄋ模┰诎l(fā)明專利申請公布后專利權(quán)授予前使用發(fā)明而未支付適當費用的糾紛；
?。ㄎ澹┻M行處理的管理專利工作的部門應當事人的請求，可以就侵犯專利權(quán)的賠償數(shù)額進行調(diào)解；調(diào)解不成的，當事人可以依照《中華人民共和國民事訴訟法》向人民法院起訴。
但對于調(diào)解不成而向法院起訴的，是當事人雙方之間的民事訴訟，也就是說，不是行政訴訟，被告也不是管理專利工作的部門。
第二種被告是專利復審委員會（國家知識產(chǎn)權(quán)局直屬事業(yè)單位）。
最近，復審委員會的法律地位有所變化。專利復審委員會從專利局的內(nèi)設(shè)機構(gòu)調(diào)整為國家知識產(chǎn)權(quán)局直屬事業(yè)單位，其原因在于：從職責上來看，專利復審委員會要對國家知識產(chǎn)權(quán)局的審查決定進行再審查。所以，從行政程序上看，專利復審委員會作為國家知識產(chǎn)權(quán)局的內(nèi)設(shè)機構(gòu)不合適；從參與行政訴訟的角度看，原來專利復審委員會作為國家知識產(chǎn)權(quán)局內(nèi)設(shè)機構(gòu)不具獨立法人地位，嚴格地講，在專利行政訴訟中不是適格被告。
需要指出的是，目前復審委員會的法律地位仍然有一些問題，隨著中國經(jīng)濟的發(fā)展和法律制度的演進，可能會進一步變化。
以專利復審委員會為被告的案件包括維持駁回申請復審決定案件和不服專利權(quán)無效宣告請求決定案件。申請人或無效宣告審查決定對其不利的當事人可以作為原告，向北京市第一中級人民法院提起行政訴訟。對于判決不服的，在規(guī)定的上訴期內(nèi)，向北京市高級人民法院提起上訴。北京市高級人民法院的裁判為終審裁判。
目前，在無效案件的行政訴訟程序中，復審委員會是作為被告出庭的，但至少有以下缺點：對復審委員會的決定不服的，雖然人民法院應當通知無效宣告請求程序的對方當事人作為第三人參加訴訟，但按照行政訴訟法和有關(guān)行政訴訟的司法解釋規(guī)定，被告收到起訴狀10天之內(nèi)不提交答辯狀和證據(jù)，法院就要直接判決被告敗訴。但是在這類案件中，法院判決復審委敗訴，敗訴的后果與復審委并沒有直接關(guān)系，不利的影響在于宣告無效專利的申請人。
但是，從參加無效程序的當事人來看，無效程序是一種雙方當事人參加的與行政機關(guān)之間的程序，實質(zhì)上是一個重新審查的過程。
從中國法律體系的角度來看，雖然無效程序中規(guī)定一些準司法性的程序，但復審委員會在制度上仍然是一級行政機關(guān)。在行政訴訟法的框架下，在一定時期內(nèi)，復審委員會在行政訴訟程序中仍然會作為被告。
在無效案件的行政訴訟程序中，復審委員會是作為被告出庭的案件中，有很大一部分涉及實用新型和外觀設(shè)計申請或?qū)＠?。?2001年7月1日 以前，由于復審委員會針對實用新型和外觀設(shè)計所作出的決定為終局決定，申請人沒有司法救濟的途徑。在 2001年7月1日 以后，當事人對復審委員會所作出的決定不服的均可向人民法院起訴，這就意味著當事人對復審委員會就發(fā)明、實用新型、外觀設(shè)計專利所做決定不服，均可向人民法院起訴。
特別是針對外觀設(shè)計的專利，由于復審委員會、北京市中級人民法院和北京市高級人民法院的審查方法和觀點不完全一致，出現(xiàn)了關(guān)于相似與否的專利性確權(quán)判斷，一直到終審法院才基本得以解決的情況，事實上是實質(zhì)審查程序向下游移轉(zhuǎn)的過程，客觀上浪費了司法的資源。
司法審查是司法權(quán)與行政權(quán)之間的關(guān)系問題，實質(zhì)上是在處理法院與行政機關(guān)在法律觀點（即法律解釋）方面的關(guān)系。法官在審查行政行為的合法性時，應當充分尊重行政機關(guān)在其行政管理專業(yè)范圍內(nèi)所作的判斷，而不應輕易地以自己的判斷代替行政機關(guān)的判斷，除非存在越權(quán)或者濫用職權(quán)。應確保法院對行政行為的審查重點放在其合法性上。即關(guān)于是否授予專利權(quán)的問題，就其中的技術(shù)、事實問題，法院應主要依靠專利局以及復審委員會的判斷，而不是自己輕易作出決定。
有數(shù)據(jù)顯示，在對外觀設(shè)計專利進行無效宣告的請求中，有接近70％－80％的成功率。因此，比較可行的是，隨著中國法律的不斷完善，在專利局審查部門對外觀設(shè)計采取實質(zhì)審查的方法，以合理利用復審委員會和各級法院的資源。
第三種被告是國務院專利行政部門（國家知識產(chǎn)權(quán)局），其中關(guān)于實施強制許可決定案件和不服實施強制許可使用費裁決案件，在實踐中并沒有發(fā)生過，因此，僅僅是單純的法律上的規(guī)定而已。
實踐中僅出現(xiàn)過不服國務院專利行政部門行政復議決定案件而進行的行政訴訟。在這種情況下，具體行政行為作出時的相對人和相關(guān)人可以作為原告，向北京市第一中級人民法院提起行政訴訟。對于判決不服的，在規(guī)定的上訴期內(nèi)，向北京市高級人民法院提起上訴。北京市高級人民法院的裁判為終審裁判。
以上，僅就有關(guān)專利的行政訴訟的一些情況進行了介紹，需要指出的是，隨著我國經(jīng)濟的發(fā)展和加入WTO，專利行政訴訟的保護客體、管轄等諸方面也在不斷的發(fā)展變化中。